創(chuàng)新藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)Innovative drug target discovery
背景介紹：
近年來(lái)，靶向蛋白降解（targeted protein degradation, TPD）作為一種創(chuàng)新的治療策略，通過(guò)藥物分子干預(yù)蛋白質(zhì)的表達(dá)來(lái)達(dá)成疾病治療的目標(biāo)，其中PROTAC（proteolysis targeting chimeras）藥物尤為引人注目。
蛋白水解靶向嵌合體（PROTAC）藥物是一種雙功能分子，可以與靶向蛋白結(jié)合，并招募泛素E3連接酶進(jìn)行降解。因此，PROTAC和分子膠等新型小分子偶聯(lián)藥物能夠改變內(nèi)源性蛋白質(zhì)的豐度，這為蛋白質(zhì)靶點(diǎn)，尤其是難成藥蛋白質(zhì)提供了一種新的藥物開(kāi)發(fā)策略。全面量化"正靶"和"脫靶"蛋白質(zhì)的豐度已成為 TPD 藥物研發(fā)的標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)之一。
技術(shù)平臺(tái)：
科絡(luò)思生物開(kāi)發(fā)了多種定量化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)平臺(tái)，其創(chuàng)新的技術(shù)平臺(tái)能夠在單一細(xì)胞系中對(duì)超過(guò)5,000個(gè)蛋白質(zhì)進(jìn)行精確的定性定量分析，為全面的靶點(diǎn)選擇性分析提供了強(qiáng)有力的支持。其中，基于TMT（Tandem Mass Tag）標(biāo)記的多重定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)平臺(tái)，該技術(shù)首先對(duì)蛋白降解劑處理的細(xì)胞樣本進(jìn)行全蛋白質(zhì)組提取，通過(guò)酶解和多重定量標(biāo)記步驟處理后混合。為了提升蛋白質(zhì)組覆蓋深度，通常利用液相色譜對(duì)肽段樣品預(yù)分級(jí)，然后通過(guò)質(zhì)譜檢測(cè)分析樣本間的蛋白豐度差異，解析關(guān)鍵靶點(diǎn)信息和選擇性數(shù)據(jù)，為蛋白降解劑的開(kāi)發(fā)和優(yōu)化提供評(píng)估與指導(dǎo)。此外，科絡(luò)思生物還開(kāi)發(fā)了基于DIA（數(shù)據(jù)非依賴采集，Data independent acquisition）的技術(shù)平臺(tái)，在蛋白質(zhì)組鑒定深度上有進(jìn)一步提升。
服務(wù)內(nèi)容：
實(shí)驗(yàn)案例：
項(xiàng)目需求：針對(duì)理性設(shè)計(jì)的PROTAC分子，在細(xì)胞中確定其對(duì)靶點(diǎn)的降解效果，及潛在的脫靶蛋白。
數(shù)據(jù)展示：分別利用免疫印跡和質(zhì)譜方法對(duì)目標(biāo)蛋白的豐度進(jìn)行定量分析。
在一次實(shí)驗(yàn)中對(duì)腫瘤細(xì)胞系中5900個(gè)蛋白進(jìn)行定量分析，成功確定PROTAC1（圖2）和PROTAC2（圖3）的降解蛋白以及其他潛在的脫靶蛋白。
